Los primeros datos de la zona son de 1088 con la repoblación castellana. Párraces fue una aldea de Segovia y pertenecía a los nobles Guzmanes, Don Blasco Galindo y a su esposa Catalina de Guzman. Al no tener descendencia, dejaron sus bienes al cabildo de Segovia, canónigos que seguían la regla de San Agustín. Según Diego de Colmenares (1586-1651) esto sería en el año 901. Unos deciden abandonar la regla y ser seculares y otros que la siguen se apartan dirigidos por el maestro Navarro al lugar concedido. Eran un Abad, 12 canónigos y 16 racioneros. Bercial aparece nombrado en una carta de venta de 1330, cuando la abadía le compra unas tierras.
Llegó a ser una de los señoríos de abadengo más importantes de Castilla. La tierra de la campiña se repartía entre la abadía, la catedral y la nobleza, que llega a presidir la abadía por designación real, un ejemplo es uno de los hijos del duque de Alburquerque, Don Bartolomé de La Cueva (1499-1562). Tras su muerte, Felipe II (1527-1598) confiere la abadía como colegio o seminario anexionándola a El Escorial. Era 1567 cuando paso a la orden de los Jerónimos. En 1575 se traslada el seminario a El Escorial. Tal fue el poder que adquirió que tenía terreno hasta en lugares alejados como Santo Tomé o la iglesia del Corpus Christi de Segovia tras la expulsión de los judíos.
Los habitantes de las aldeas cercanas que trabajaban sus tierras, son parroquianos de la abadía y de ella dependen hasta 1646 tras mucho pleitear.
Con la llegada de la desamortización (1798) se produce la exclaustración. Los bienes de la Abadía se repartieron por los pueblos de alrededor.
La invasión francesa supuso la entrada de la legislación anticlerical. El reinado de Fernando VII (1784-1833) y el trienio liberal, dejaron la abadía en manos privadas en 1836. En la actualidad es un lugar donde se celebran todo tipo de eventos por contar con la capilla, el refectorio, la iglesia desacralizada como comedor, dos claustros, y siendo también escenario de diferentes rodajes.